Зачем защита от бунта? Скорее уж логика машинного разума будет предполагать, что убийца людей и в следующей жизни будет убивать людей, поскольку ничего особо хорошего с их стороны не видел ни в своей первой жизни, не увидит и в следующей, вряд ли люди сильно будут рады явлению киборга в свой штаб. То, что Маркус может встать на сторону тех, кто над ним измывался и собирался его уничтожить, - это вот Скайнет не предполагал. Плюс Скайнет вообще ничего плохого Маркусу не сделал, какие могут быть вообще причины у Маркуса бунтовать? Его личность в целости и сохранности, его вернули к жизни, сделали апгрейд и ваще всячески улучшили. Из человеческого социума он исключен еще в прошлой своей жизни, так что ему чисто практически гораздо лучше и удобнее быть со Скайнетом, он теперь для него "свои". Маркус просто демонстрирует своим поведением человеческую иррациональность, учесть которую Скайнет, видимо, не смог.