В разных инсталлментах по разному. Есть IDW комиксы, где Мегатрон приспокойно завоевал Землю и утёр Автоботам нос, есть G1, где мочат всех главных героев франшизы, а есть всякий комедийный треш типа "Армады" или "Animated", где нет вообще ничего хорошего.
А таким (наивным и бредовым) Бэй снял фильм понимая, что именно в таком виде он будет наиболее прост для понимания у его целевой аудитории => cоберёт больше денег. Как все видят, он не прогадал.
Ясен пень, что снимай ТФ Джеймс Кэмерон или Дэвид Финчер, фильм вышел бы совершенно другим (не постесняюсь предположить, что в своём жанре это был бы шедевр) Но жизнь у нас жестокая штука и всё сложилось иначе.
То, что фильм должен быть самостоятельным и угодить как фанатам, так и людям абсолютно не знакомым с сабжем, отрицать не буду. Однако все эти комикс-приквелы, вбоквелы и новеллы являются официальной частью маркетинговой компании сего опуса. И имеют к его событиям непосредственное отношение. Поэтому я не вижу ничего постыдного чтобы на них ссылаться.