Том стал злом по детской доверчивости. Разболтав Дамблдору свой секрет, что он может говорить со змеями, тот воспользовался ситуацией. Оставаясь наедине давал Тому поиграться со своей "змеёй".
Очкарика миновала его участь. Видимо Дамблдор решил дважды не наступать на одни и те же грабли, а возможно возраст уже сказывался и никакая магия там уже не в силах была помочь.