Вот тут не сказать, что не стыкуется. В 2093 году начали готовить экипаж на Оригае-6, планету соответственно, обнаружили раньше, экипаж готовят все же, когда все уже изучат. LV-223 вообще в 2073 году обнаружили, а экспедицию Прометея готовить начали на много лет позже. Тут скорее не в том дело, что эти планеты не обнаружили, а в том, что на Планете-4 до прилета Дэвида была жизнь — Инженеры, а соваться к Инженерам элементарно опасно и в случае чего может угрожать всей Земле. Прежде, чем туда лезть, сначала нужно либо зачистить эту планету (что и сделал Дэвид), либо договориться, что пытался сделать Вейланд в Прометее, а когда не вышло, Дэвид зачистил. Поэтому Прометей и полетел сначала на LV-223, где был один Инженер, его укокошить проще, если переговоры зайдут в тупик. А потом Дэвид со знанием дела уже полетел на Планету-4, как к себе домой и всех вычистил как враждебную расу, угробившую хозяина всея конторы и мирную научную экспедицию.
Вот так, если по уму, с подготовкой, просчитав все варианты лететь, то и стыкуется все прекрасно, и Вейланд с учеными уже кретинами не кажутся.
И ещё деталь, Уолтер догадался, что Дэвид уничтожил Инженеров, о чем ему прямо сказал. Но при этом Уолтера этот факт никак не обеспокоил, он продолжал вести себя как ни в чем ни бывало. Единственное, что он счел странным - эмоциональность Дэвида, которую он объяснил отсутствием техобслуживания. То есть зачистка Инженеров - вполне плановая вещь на случай неудачных переговоров и никак вообще не смущала, как к слову, и труп Элизабет.
Это Дэни офигела, поняв, что Дэвид Лизу убил, а Уолтер реагировал как так и надо, бровью не повел.
И еще интересная вещь. Уолтер, в отличие от остальных андроидов, был «двухсимочный». У Энди симка вставлялась в шею, в то место, куда Дэвид ударил Уолтера и думал, что он умер от этого. Но в фильме показали, что Уолтеру одну симку прямо в голову зашили. Поэтому он не умер, когда Дэвид его ударил, а только перезагрузился, т.е. в компании все же обезопасили себя на случай глюка Дэвида, которого без техобслуживания глючить начало наподобие Энди. А когда уже Уолтер себе симку Дэвида, вероятно в шею в разъем, и поставил, и прибежал на корабль, он уже имел в себе две базы данных, называл пароли и свои и Дэвида, при этом эти две программы друг другу не противоречили и как вирус одна на другую не действовали, т.е. партзадание у них общее на двоих было.
И защищал Уолтер только Дэниелс, говоря, что это его долг, на остальных плевать хотел, т.к. именно она была ценным живучим женским экземпляром для создания королевы.