Не смотря на то, что оба фильма - экранизации одной и той же книги, да и сюжетно почти не отличаются, но воспринимаются как совершенно различные по смыслу.
У Скорсезе акцент сделан на взаимоотношениях между человеком и Богом, христианской моралью и прозелитизмом. А вывод сделан таков, что для Бога самое важное - это любовь, и что истинный христианин ради любви к людям предаст даже Бога и таким образом парадоксально останется ему верен.
Для Синоды же как будто важней изучить способность Японии к восприятию мировой культуры и общечеловеческих ценностей. И вывод таков, что Япония - это болото, в котором тонут любые ростки чуждых культур, что в сути своей она сохраняется неизменной. Чужакам остаётся только либо покинуть Японию спасаясь, либо полностью в ней ассимилироваться (помню, при первом просмотре раздражало, что старого португальского священника играл японец с накладной рыжей бородой, а после пересмотра понял, что это демонстрирует, как Япония ломает под себя любого иностранца).
Полагаю, что Синода хотел показать, почему на японской земле провалились западные идеи просвещения и гуманизма, вопреки показному западничеству ради заимствования технологий. Скорсезе снял фильм о молчании Бога, а Синода - о молчании культур. Видимо, мы обречены на вечную войну цивилизаций друг против друга...