Вообще, не понимаю, где вы нашли какие-то сюжетные и логические дыры. Если вы до сих пор в каждом художественном произведении (будь то книга или фильм - не важно) ждете, что авторы абсолютно однозначные ответы на все вопросы заботливо упакуют и положат вам в голову... Ну, жаль мне вас. Размышлять самим надо учиться. Тем более, в ситуации с "Прометеем", явных указаний на то, в какую сторону надо подумать, чтоб дойти до ответа - масса.
Фильм холодный, жесткий, мрачный. С прекрасной актерской игрой, режиссурой, операторской работой и музыкой. А здешний сценарий - это лучшее, что я видел за последние несколько лет, на ряду с "Хижиной в лесу". Этот фильм объективно заслуживает свои 9/10.