Во-первых, Котов не офицер. На тот момент просто не существовало понятие "офицер".
Во-вторых, Михалков немного путается в истории. События в фильме происходят летом 36го года. Тогда репрессий по отношению к комдивам вообще не было и не могло быть. В сентябре 1936го во главе НКВД встает Ежов. Под его руководством органы госбезопасности получили если не абсолютную власть, то что-то очень близкое к этому. ОСО, "Ежовые рукавицы", ну и так далее. Так что, по задумке режиссёра, Сталин вполне мог и не знать.
Да и посуди логически. Раз Котов верил, что звонок Сталину мог бы всё исправить, значит он и сам допускал мысль о том, что Иосиф Виссарионович был просто не в курсе.
Впрочем, в фильме много подобных временных несоответствий. А вторая часть вообще практически полностью из них состоит.