Особенностью Матрицы могло бы то, что в какой-то момент в ней происходит все больше и больше сбоев (мало ли - зависнет еще). Поэтому машинам приходится в любом случае перезагружать ее. А ключом был Нео. Однако при чем тут тогда Зион? Зачем он нужен? И зачем использовать Нео, как избранного в глазах повстанцев, и при этом еще как ключ для перезапуска? Постанцы сами не могут отключиться от Матрицы, а если и смогут - куда они пойдут? Если Зион машинам не нужен - почему он существует?
Допустим, что постанцы, чувствующие иллюзорность мира и есть тем самые сбои (или одни из них. Припоминаете Смита?) Зачем им Зион? Перезагрузились бы и все. Зачем вся это замута (извините за сленг), когда Нео отключают от Матрицы и т.д.
Ну, то, что я написал дальше, больше мои фантазии, но на мой взгляд не лишены оснований.
Можно предположить, что какие-нибудь там ученые, создавая Матрицу, хотели провести эксперимент - смоделировать идельный мир, где люди будут жить как в раю (вспомним упоминания о первой версии Матрицы, как попытке создать идеальный мир, пусть и виртуальный!). Но ничего не получилось и они воспользовались услугами Нео, которого они изначально создали, как ключ.
Дело в том, что когда Нео заходил к Архитектору, чтобы выбрать дверь - был шанс либо уничтожить всю систему, либо сохранить ее. Для этого и был создан Избранный - он был ключом, который по своему желанию (или по желанию экспериментаторов) мог закрыть Матрицу или продолжить ее существование. Нечто вроде попытки защитить систему от посторонних - только те кто "в теме" знают, что ключ спрятан в самой Матрице, и знают как его использовать.
Но использовать этот самый ключик и послать его куда надо, мог только человек - сами машины этого сделать не могли, вероятно, из-за некоего защитного механизма (может быть попытка искать этот самый ключ привела бы к самоуничтожению системы?). А машинам терять Матрицу, как источник питания (что для них важнее, а не сам факт существования Матрицы), было не выгодно
Поэтому Зион пришлось оставить - только эти люди, найдут по каким-то признакам избранного и направят куда надо. Проблема в том, как ими управлять. Поэтому была придумана вся эта легенда с Избранным. Мол, придет один чел, который всех машин победит и т.д.
Люди, доверяющие такой информации, ищут ключик от системы, и направляют его в то место Матрицы, которое и нужно, чтобы запустить процесс либо уничтожения, либо перезагрузки. При этом они не подозревали о власти, которую имеют над Матрицей.
Когда машины победили людей (я хочу сказать, что события, происходящие в 1-2-3 Матрицах идут уже после победы людей над машинами - люди уже давным-давно проиграли войну, но "зионцы" не понимали этого), Нео стал нужен машинам только как обязательный элемент системы, которые они при всем желании не могли отменить - или даже не захотели отменить. Избранному дается выбор:
1) либо Матрица перезагружается и Зион остается
2) Либо Матрица уничтожается и человечество как ныне бесполезное полностью погибнет, потому что уничтожение Матрицы приведет к тому, что "халявный "источник питания тоже будет отключен.
Нео им нужен был только как ключ, до той поры пока он выбирает нужную дверь.
Но если бы Нео ослушался, как, впрочем, и случилось - вся система нарушилась бы. Машины уничтожили бы Зион до основания, как абсолютно не нужный им ныне объект.