Основная суть заключается в том, что во время титров, в интро, на самом деле мы являемся свидетелями искажённой версии реальных событий во сне спящего (вероятно Рипли) на примере того, когда в первом фильме Кейну снился сон, что кто-то его там душит, как и Эллен Рипли снился кошмар с тем же грудоломом на космической станции в начале второго фильма. То есть, весь этот набор кадров показанный в интро не следует воспринимать зрителю буквально.
Непосредственно по поводу яйца теперь, то однозначно дело лап самой королевы. В видео объясняется, что она не могла оставить полноразмерное яйцо из-за отсутствия "мешка" и питательных веществ для него. Да и спалили бы его сразу. А вот микроскопическое яйцо она вполне могла отложить, которое изначально зарождается внутри неё. В общем, версия заключается в том, что оно просочилось через напольные решётки во время сражения с Рипли и затем со временем выросло до нормальных уже размеров. К тому же, яйцо показанное во вступительных титрах могло находиться совершенно в другом месте и не обязательно там, где нам показали его в фильме, т.к. показанные события являлись сновидением.
Ну и говорится про очевидную несостоятельность той теории с Бишопом, где он якобы доставил яйца на "Сулако". Объясняется, почему и как он не мог этого сделать.