Правильно, эта цитата как раз касалась второй части, потому что должна была начаться война, но ее можно было предотвратить. "Будущее не предрешенно, мы хозяева своей судьбы" т.е мы изменим это будущее, мы предотвратим войну, мы будем жить в мире.
Как раз когда Сара поехала убивать профессора, именно терминатор настаивал не останавливать ее: «потому что это предотвратит ядерную войну» да да он так и сказал. Но именно Джон Коннор «объяснил» Шварцу, что людей нельзя просто так убивать, даже если одна смерть может предотвратить миллиарды.